ระบบ HVAC จำเป็นต้องใช้ตัวกรองเพื่อให้แน่ใจว่าอากาศยังคงสะอาดและปราศจากอนุภาคที่เป็นอันตรายมีตัวกรองหลายประเภทให้เลือก รวมถึงตัวกรองเชิงกล ตัวกรองไฟฟ้าสถิต และตัวกรอง HEPAตัวกรองเชิงกลใช้สิ่งกีดขวางทางกายภาพในการดักจับอนุภาค ในขณะที่ตัวกรองไฟฟ้าสถิตจะดึงดูดและกักเก็บอนุภาคผ่านประจุไฟฟ้าสถิตแผ่นกรอง HEPA มีประสิทธิภาพสูงสุดและสามารถดักจับอนุภาคที่มีขนาดเล็กถึง 0.3 ไมครอน

ระดับความสะอาดของระบบ HVAC หมายถึงปริมาณอากาศสะอาดที่ส่งไปยังพื้นที่วัดเป็นการเปลี่ยนแปลงอากาศต่อชั่วโมง (ACH) ซึ่งเป็นจำนวนครั้งที่อากาศในอวกาศถูกแทนที่อย่างสมบูรณ์ต่อชั่วโมงACH ที่แนะนำสำหรับพื้นที่เชิงพาณิชย์อยู่ที่ประมาณ 4-6 ในขณะที่ ACH สำหรับโรงพยาบาลและห้องปฏิบัติการอาจสูงถึง 12-15

เมื่อออกแบบระบบ HVAC สิ่งสำคัญคือต้องพิจารณาปัจจัยต่างๆ เช่น ขนาดของพื้นที่ ประเภทการเข้าพัก และระดับมลพิษทางอากาศที่คาดหวังการออกแบบท่อและการวางตำแหน่งเครื่องบันทึกอากาศอย่างเหมาะสมก็เป็นสิ่งสำคัญที่ต้องพิจารณาเช่นกันระบบควรได้รับการออกแบบเพื่อให้กระจายอากาศได้ทั่วถึงทั่วพื้นที่และป้องกันการสะสมของอากาศนิ่ง