ตัวกรองขั้นต้นของคลีนรูมได้รับการออกแบบมาเพื่อกำจัดอนุภาคขนาดใหญ่ออกจากอากาศก่อนที่จะเข้าสู่ตัวกรองหลักของคลีนรูมเป็นด่านแรกในการประกันคุณภาพอากาศในห้องสะอาดให้อยู่ในระดับสูงสุดเท่าที่จะเป็นไปได้ตัวกรองขั้นต้นจะขจัดอนุภาคที่อาจอุดตันตัวกรอง HEPA ทำให้ประสิทธิภาพและอายุการใช้งานลดลงตัวกรองเหล่านี้มีจำหน่ายในประเภท การออกแบบ และขนาดต่างๆ ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในห้องคลีนรูมที่แตกต่างกัน

ตัวกรองขั้นต้นสำหรับคลีนรูมมีหลายประเภท แต่ละประเภทมีคุณสมบัติและประโยชน์เฉพาะตัวประเภทของตัวกรองขั้นต้นที่พบมากที่สุด ได้แก่ ตัวกรองพื้นผิวแบบขยาย ตัวกรองแบบจีบ ตัวกรองใยแก้ว และตัวกรองคาร์บอนตัวกรองพื้นผิวแบบขยายมีความสามารถในการกักเก็บสูง ตัวกรองแบบจีบให้ประสิทธิภาพการกรองที่สูงขึ้น ตัวกรองใยแก้วมีความสามารถในการกักเก็บสิ่งสกปรกสูง และตัวกรองคาร์บอนมีความสามารถในการดูดซับกลิ่นที่ไม่พึงประสงค์และก๊าซมลพิษ