พื้นคลีนรูมเป็นสิ่งสำคัญในการออกแบบคลีนรูมได้รับการออกแบบมาเพื่อลดการสร้างอนุภาค อำนวยความสะดวกในการทำความสะอาด และรักษาความสมบูรณ์ของสภาพแวดล้อมในห้องปลอดเชื้อวัสดุปูพื้นทั่วไปที่ใช้ในคลีนรูม ได้แก่ ไวนิล อีพ็อกซี่ และโพลียูรีเทน

โครงสร้างของพื้นคลีนรูมโดยทั่วไปประกอบด้วยชั้นย่อย ชั้นกาว และชั้นบนสุดของวัสดุปูพื้นควรเลือกวัสดุปูพื้นชั้นบนสุดตามประเภทของคลีนรูมและการใช้งาน รวมถึงความทนทานและทำความสะอาดง่ายวัสดุปูพื้นทั้งหมดควรไม่หลุดล่อน เป็นขุยน้อย และทนทานต่อความเสียหายจากน้ำยาทำความสะอาด

เพื่อรักษาความสะอาดของพื้นคลีนรูม สิ่งสำคัญคือต้องปฏิบัติตามตารางการทำความสะอาดและบำรุงรักษาเป็นประจำขึ้นอยู่กับระดับของกิจกรรมและประเภทของสารปนเปื้อน ความถี่ในการทำความสะอาดและการบำรุงรักษาอาจแตกต่างกันไปการทำความสะอาดทั้งหมดควรดำเนินการโดยใช้อุปกรณ์พิเศษและน้ำยาทำความสะอาด และการซ่อมแซมหรือเปลี่ยนพื้นควรดำเนินการโดยผู้เชี่ยวชาญที่ผ่านการฝึกอบรม