อุตสาหกรรมการบินและอวกาศอาศัยคลีนรูมในการผลิตชิ้นส่วนที่ใช้ในเครื่องบินและยานอวกาศ เช่น ระบบอิเล็กทรอนิกส์และชิ้นส่วนดาวเทียมห้องคลีนรูมในอวกาศได้รับการออกแบบมาเพื่อควบคุมปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม เช่น อุณหภูมิ ความชื้น และการไหลเวียนของอากาศ ตลอดจนระดับของอนุภาคในอากาศและสารปนเปื้อน

ห้องคลีนรูมในอวกาศต้องเป็นไปตามมาตรฐานที่เข้มงวดในด้านความสะอาดและความปลอดภัย ตลอดจนปฏิบัติตามข้อกำหนดของกฎระเบียบประเภทของการจำแนกประเภทของคลีนรูมนั้นขึ้นอยู่กับข้อกำหนดเฉพาะของชิ้นส่วนอากาศยานที่กำลังผลิต

ในการใช้คลีนรูมอย่างมีประสิทธิภาพในอวกาศ สิ่งสำคัญคือต้องปฏิบัติตามระเบียบปฏิบัติที่เข้มงวดสำหรับการทำงานในสิ่งแวดล้อมพนักงานต้องสวมเสื้อผ้าเฉพาะและปฏิบัติตามขั้นตอนที่เข้มงวดเพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนในสภาพแวดล้อมของคลีนรูมนอกจากนี้ การบำรุงรักษาสภาพแวดล้อมของคลีนรูมอย่างสม่ำเสมอมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการป้องกันการสะสมของอนุภาคและสารปนเปื้อนเมื่อเวลาผ่านไป