อุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพอาศัยห้องปลอดเชื้อในการผลิตผลิตภัณฑ์ชีวภาพ เช่น วัคซีนและสารชีวภาพ ด้วยความบริสุทธิ์และความสม่ำเสมอในระดับสูงห้องปลอดเชื้อในเทคโนโลยีชีวภาพได้รับการออกแบบมาเพื่อควบคุมปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม เช่น อุณหภูมิ ความชื้น และการไหลเวียนของอากาศ ตลอดจนระดับของอนุภาคในอากาศ แบคทีเรีย และสิ่งปนเปื้อนอื่นๆ

โดยทั่วไปแล้วคลีนรูมในเทคโนโลยีชีวภาพจะจัดประเภทตามระดับความสะอาด โดยห้องสะอาดคลาส A เป็นห้องที่เข้มงวดที่สุดการใช้อุปกรณ์และเครื่องมือเฉพาะ เช่น laminar flow hoods และตู้ biohazard เป็นเรื่องปกติในห้องสะอาดในสาขาเทคโนโลยีชีวภาพ

ในการใช้ห้องสะอาดในเทคโนโลยีชีวภาพอย่างมีประสิทธิภาพ สิ่งสำคัญคือต้องปฏิบัติตามระเบียบปฏิบัติที่เข้มงวดสำหรับการทำงานในสิ่งแวดล้อมพนักงานต้องสวมเสื้อผ้าเฉพาะและปฏิบัติตามขั้นตอนที่เข้มงวดเพื่อหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนในสภาพแวดล้อมของคลีนรูมนอกจากนี้ การบำรุงรักษาสภาพแวดล้อมของคลีนรูมอย่างสม่ำเสมอมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการป้องกันการสะสมของอนุภาคและสารปนเปื้อนเมื่อเวลาผ่านไป