มีหลายอุตสาหกรรมที่ตัวกรอง HEPA สำหรับห้องคลีนรูมมีบทบาทสำคัญในการรับรองความบริสุทธิ์ของอากาศและกำจัดสิ่งปนเปื้อนที่อาจเกิดขึ้นคลีนรูมอุตสาหกรรมใช้ในอุตสาหกรรมทางการแพทย์ ยา อาหารและเครื่องดื่ม และอุตสาหกรรมเซมิคอนดักเตอร์ เพื่อปกป้องผลิตภัณฑ์และกระบวนการที่ละเอียดอ่อนจากการติดเชื้อในอากาศ อนุภาคขนาดจิ๋ว และมลพิษอื่นๆ

ในโรงพยาบาล ตัวกรอง HEPA สำหรับห้องคลีนรูมถูกใช้เพื่อสร้างห้องผ่าตัดที่ปลอดเชื้อและปลอดภัยในอุตสาหกรรมยาและอาหารและเครื่องดื่ม ตัวกรองเหล่านี้ใช้เพื่อรักษาสภาพแวดล้อมที่บริสุทธิ์ซึ่งปราศจากการปนเปื้อนของจุลินทรีย์และสารเคมีในอุตสาหกรรมเซมิคอนดักเตอร์ ตัวกรองเหล่านี้ช่วยลดฝุ่นและอนุภาคอื่นๆ เพื่อขจัดโอกาสปนเปื้อนในสายการผลิต